Simulic
Bahasa Indonesia

Kladogram dan pohon filogenetik – susun dari karakter atau sekuens

BiologiEvolusiUsia 17–18

Memuat…

Gunakan di kelas saya ✨ Sesuaikan dengan AI Laporkan masalah

Susun kladogram dari tabel karakter turunan bersama yang diakarkan dengan kelompok luar, atau dari sekuens DNA dan protein yang sudah disejajarkan: hitung perbedaannya, gabungkan pasangan terdekat langkah demi langkah, lalu bandingkan pohon Anda dengan pohon yang diterima. Jam molekuler mengubah perbedaan menjadi waktu divergensi; tampilkan pohon pada tiga domain dan uji apakah kelompok tradisional monofiletik, parafiletik, atau polifiletik.

Pelajaran: Bukti evolusi: kladogram, pohon filogenetik, dan jam molekuler

Yang ditunjukkan

Kladogram mengelompokkan organisme berdasarkan karakter turunan bersama: ciri yang muncul pada nenek moyang bersama dan diwariskan ke semua keturunannya. Kelompok luar menunjukkan keadaan leluhur, sehingga menjadi akar pohon. Data molekuler bekerja dengan cara yang sama: spesies yang sekuens DNA atau proteinnya paling sedikit berbeda memiliki nenek moyang bersama yang paling baru. Di sini Anda menyusun pohon dengan dua cara, dari matriks karakter dan dari sekuens tersejajar hasil simulasi, lalu membandingkannya dengan pohon yang diterima. Jam molekuler yang dikalibrasi dengan umur fosil mengubah perbedaan menjadi waktu divergensi, dan kelompok tradisional seperti reptil atau prokariota dapat diuji.

Cara menggunakan

Pilih Set data. Untuk karakter, ketuk sel untuk mengganti 0 dan 1, hapus centang kolom untuk membuang karakter, atau ganti Kelompok luar; beralih antara Kladogram dan Himpunan bersarang. Untuk sekuens, atur panjangnya, lalu ketuk angka terkecil di tabel perbedaan, atau tekan Gabungkan pasangan terdekat, sampai pohon lengkap. Centang Bandingkan dengan pohon yang diterima, pilih kalibrasi jam molekuler, dan pilih Kelompok untuk diuji.

Parameter yang dapat diubah

  • Set data Vertebrata (karakter), Tumbuhan (karakter), Primata (sekuens DNA), Vertebrata (protein), Tiga domain (sekuens rRNA)
  • Panjang sekuens 20–1000 situs
  • Tampilkan pohon yang diterima untuk perbandingan

Pertanyaan untuk dijelajahi

  1. Mengapa Anda memerlukan kelompok luar untuk menentukan keadaan karakter mana yang turunan?
  2. Mengapa pohon dari sekuens pendek kadang berbeda dari pohon yang diterima?
  3. Mengapa prokariota bukan sebuah klad pada pohon kehidupan tiga domain?

Simulasi terkait